Fundador do Clã Uchiha, Madara foi mencionado pela primeira vez durante o encontro entre Sasuke e a Kyuubi, no momento em que o Uchiha invadiu o subconsciente de Naruto.

A raposa de Nove-Caudas mencionou que os olhos e o chakra de Sasuke lembravam os de Uchiha Madara, cujo poder chegava a ser até mais sinistro que o dela própria(Kyuubi). Sasuke disse que, se esses olhos lhe eram familiar, tal criatura deveria ser a Kyuubi. Se Sasuke deduziu que a criatura era a Kyuubi a partir do comentário que ela fez sobre seus olhos, é bastante provável que haja alguma espécie de conexão entre a nove caudas e o clã Uchiha.

Madara foi fundador da Akatsuki e mentor de Itachi . Também é dito que Uchiha Madara foi derrotado por Shodaime Hokage no Vale do Fim (lugar onde até tem as estátuas deles, frente a frente).

No episódio 386 Itachi conta uma história que se confunde com a do clã. A história fala que Madara teve um irmão mais novo e estes, quando mais novos, competiam um contra o outro enquanto ambos evoluíam. Como consequência despertaram o Sharingan, assim eles ficaram conhecidos como irmãos especiais até mesmo fora do clã. Obtendo o crescimento através de competições, os irmãos alcançaram o Mangekyon Sharingan. Esse foi o começo do clã Uchiha. Assim, com os seus olhos, os irmãos tomaram o poder do clã. O irmão mais velho-Madara- transformou-se em líder. Com o tempo anomalias estranhas começaram a creçer em seu corpo até então saúdavel. Itachi cita antes que aqueles olhos são especiais, mas quanto mais o uso, mais a escuridão que selará se aproxima. Em troca desse imenso poder, você deixará seus olhos partirem com a luz, e assim esse é o fim do Mangekyou Sharingan. Madara tentou exaustivamente todos os meios para recuperar a visão, mas nada foi eficaz. Então, possuído pelo Mangekyou Sharingan, Madara conseguiu a luz: ele se desesperou e então arrancou os olhos de seu irmão. Agora que Madara havia então conseguido a visão permanente, ela nunca mais iria embora, seria o eterno Mangekyou Sharingan. Uchiha Madara, o Tobi, líder da Akatsuki, como mostra no Capítulo 396. Um fato interessante sobre Uchiha Madara é que ele treinou Uchiha Itachi.